2045 年，世界陷入系统性的“持续战争”中，然而公众仍未意识到人类的存亡可能掌握在 AI 手里。在神秘的“新人类”出现后，全身义体化的少校草薙素子所在的公安九课作为雇佣兵登场。由于超级大国都试图把控局面，公安九课因此进行了重组。

在不久的將來，有一個住院的少年〈小鈴（スズ）〉，他是一個植入了小倉涼的性格素子的擁有性格脾氣的精密機器人。性格素子，是一種人類的記憶載體，一旦從人類身上取出，植入性格素子機器人的體內，這種機器人，就會擁有記憶所有者的性格脾氣。涼死了以後，作為涼的替身，小鈴被涼的父母製造出來，現在，他正在不斷地整理自己的記憶，以求真正成為涼的替身。有一天，小鈴遇見了一個住在一個舊病房的，名叫清水畔＜清水ほとり＞的女孩。女孩在得知小鈴的身份後，說道：「與我正相反。」阿畔是因為生病而喪失記憶，不久將會死去。於是「擁不該有的記憶