一年战争终结七个月后的地球。吉翁公国军的残党组织，为了将现在作为共和国的本国复辟为公国而继续着战争。战争末期，在雷霆宙域全歼摩尔同胞团舰队的高机动精神力扎古的驾驶员——达利尔.洛伦兹，在失去了MS后降下地球，作为残党军的一员，负责针对联邦内部的军阀派系和南洋同盟的谍报任务。另一边，曾与达利尔展开死斗的伊奥被提拔为试作型MS——阿特拉斯高达的驾驶员，并被派遣往地球。新的战场，是留有殖民地坠落的伤痕的澳洲大陆的南洋……。

　　这是一个既非发生在地球上也不是采用公元纪年的故事。30年前，世界大战爆发了，由于开发出新型兵器而一跃成为军事大国的“格里安共和国”，侵略并占领了繁荣一时的鲁贝尔斯公国。格里安共和国准备以此为跳板，军事介入其周边邻国。　　在原鲁贝尔斯公国的国境内，有一家战前就以悠久的历史和高素质的教学而闻名的名校——“CLUSTER E.A.”（通称CLUSTER学院，这里的学生都是来自世界各国的精英子弟，因此在毕业生的努力下，学校得以在鲁贝尔斯公国灭亡后继续存在，并保持正常的教学活动。于是在这个为求与世隔绝的象牙塔里